本发明采用微生物膜吸附法纯化富集大豆球蛋白碱性多肽，针对其抗菌特性，菌体与大豆球蛋白碱性多肽溶液经振荡处理，菌体与大豆球蛋白碱性多肽产生吸附作用。本发明操作简单，处理条件温和，产量高，纯度高，可得到具有高活性的大豆球蛋白碱性多肽。使用本发明大豆球蛋白碱性多肽的纯化方法纯化得到的大豆球蛋白碱性多肽的纯度达95%以上，得率达80%以上。